Aloys Misago est né en 1958 en province de Makamba actuelle. Les troubles que le pays a connus l'ont profondément marqué puisque son père est mort en 1972 et sa mère en 1997, (c’est-à-dire dans le prolongement de la crise de 1993). Il a fait des études de philosophie, de théologie et d’anthropologie et de sociologie en Allemagne avant de travailler à un programme sur les réfugiés en Tanzanie (1999-2006), puis de rentrer au Burundi.